После событий, произошедших во втором полнометражном фильме, все наконец-то налаживается, если не считать того, что уже знакомый всем вирус вновь начинает появляться в компьютерных системах Японии. И не только на компьютерах, а также телевизорах, мобильных устройствах, видео-играх имеющим доступ в интернет. Кажется, этот вирус пытается найти кого-то. И этот кто-то Ягами Тайчи, и Исида Ямато, которые одержали над ним победу несколько лет назад. Получается, что этот Дигимон-медуза на самом деле Дигимон Дьяволомон, типа вирус, который был побежден во втором полнометражном фильме. Но на этот раз, он научился создавать своих клонов, и отправлять тысячи своих копий в реальный мир. Куширо и Кен начинают разрабатывать план, который избавит мир от вируса раз и навсегда. Для этого им необходимо объединить всех друзей, ведь только совместными уcилиями возможно победить сильного противника.
